Volgens Seth MacFarlane, het brein achter de serie, is Stewie "of homo of een ongelukkige jongen die nog in de kast zit". Volgens MacFarlane is er zelfs al een aflevering geschreven waarin Stewie uit de kast komt maar, omdat de makers zijn seksualiteit een soort mysterie willen houden is deze nog niet op de buis verschenen.

Homo
"We hebben besloten om het allemaal een beetje vaag te houden, wat logisch is aangezien hij pas 1 jaar oud is. Uiteindelijk zal Stewie een homo of een ongelukkige jongen die nog in de kast zit worden. Dan wordt meteen duidelijk waarom hij zijn moeder zo graag wil vermoorden en de wereld regeren: er zit veel agressie in hem. Dit is weer terug te leiden naar alle verwarring en onzekerheid over zijn geaardheid."

Bijbel
Over de niet uitgezonden aflevering waar Stewie uit de kast komt, zei MacFarlane: "Het ging over het feit dat Stewie werd gepest door andere kinderen op school. Hij gaat terug in de tijd om te voorkomen dat er een bepaalde tekst in de bijbel wordt geschreven over homoseksualiteit."

In maart lag Family Guy nog onder vuur omdat er een aflevering was verschenen waarin Peter Griffin in een homo-orgie terecht kwam, hij onzedelijk wordt betast door een paard met hersenbeschadiging en Stewie paardensperma at. The Parents Television Council heeft toen een klacht ingediend.

Kijk hieronder naar een fragment van deze aflevering: